“莫高窟被列入世界遗产，这是一种承诺，就要保护它，使它永续发展；作为守护者，我们的责任就是要把它真实完整地保存给子孙后代。”自常书鸿、段文杰之后，樊锦诗近四十年来在大漠敦煌飞扬着激情与梦想。
敦煌莫高窟以丰富多彩的壁画著称于世，被誉为“世界艺术画廊”，近来每年接待的海内外旅游者已超过三十万人次。但各种效益的背后，也对莫高窟无形中带来些许破坏。“在莫高窟，保护是第一位的。”以樊锦诗为代表的第三代莫高窟人，加大了文物保护的科技含量，赋予了敦煌文物保护管理工作许多新的内容。敦煌研究院院长樊锦诗认为，从根本上解决敦煌石窟长期保存的问题，必须走科学保护之路。为了实现敦煌壁画、彩塑艺术的永久保存，樊锦诗最先提出利用计算机技术进行敦煌壁画、彩塑艺术永久保存的构想，并首次将这“墙壁上的博物馆”用多媒体及智能技术展现到人们面前。
除此之外，还形成了一些石窟科学保护的理论与方法，诸如，在管理上形成一整套遗址管理制度，有效地阻止了人为因素对石窟的破坏；通过环境监测与研究，对窟区大环境及洞窟小环境做出了科学的质量评价；探讨了壁画病害产生的机理，为保护工作提供了基础资料和科学数据等。
2004年七月，樊锦诗被国家四部委授予“全国杰出专业技术人才”称号，八月十四日，甘肃省举行樊锦诗先进事迹座谈会，樊锦诗如往常一样，衣着简单，显出她本质的洒脱与自然。在四十年的岁月里，戈壁大漠的风沙已将西部的粗犷、豁达揉合进这位今年六十四岁的江南女性内心。
樊锦诗把文物保护与合理利用紧密结合起来，在充分调查研究的基础上，提出了“莫高窟治沙工程”、“数字敦煌馆工程”等十三项文物保护与利用工程，为新世纪敦煌文物的保护与利用构筑了宏伟蓝图。
从二十世纪八十年代中期开始，樊锦诗将敦煌石窟长期存在而又不能有效解决的难题作为合作课题，积极谋求国际合作，她所在的敦煌研究院先后与日本东京国立文化财研究所、美国盖蒂保护研究所、美国梅隆基金会等机构进行了合作项目的研究，开创了中国文物保护领域国际合作的先河，并取得了一系列研究成果。
“人类的敦煌，人类要了解，敦煌历史文化只有为人民大众所了解，才能在激发他们热爱敦煌历史文化的同时，自觉保护好敦煌石窟。”为让更多人了解敦煌石窟博大精深的文化内涵，弘扬祖国光辉的文化遗产，樊锦诗极力倡导并积极推动敦煌文化的普及工作，由她负责筹办的敦煌艺术展览，多次在日本、法国、印度等地展出，备受关注。
